Son objetivos del IBT la promoción y ejecución de tareas de investigación científica y tecnológica en el ámbito de la biotecnología, la transferencia de los resultados al medio socio-productivo, y la formación de recurso humano calificado para favorecer tanto el desarrollo de conocimiento como su aplicación y proyección a toda la sociedad.

Los temas abordados en las investigaciones que se llevan adelante en este Instituto son muy diversos, abarcando desde la búsqueda y desarrollo de productos bioactivos y/o sus análogos hasta investigaciones sobre el uso y aplicación de microorganismos autóctonos, a nivel industrial, agronómico o en el ámbito de la salud, incluyendo como objetos de estudio a las plantas, animales y microorganismos.