El 13 de noviembre de 1992 la Facultad de Ingeniería de la Universidad Nacional de San Juan crea el Instituto de Biotecnología. Este instituto es una Unidad del Nucleamiento Química de la Facultad de Ingeniería, organizado en base al antiguo Instituto de Bioingeniería (creado en 1973), al que se sumó -en 1989- el personal que desarrollaba tareas en el área Tecnología de Alimentos y Biotecnología del Instituto de Ingeniería Química (ordenanza 29/92-CS UNSJ).
El 4 de diciembre de 1992 se designa al Ing. Francisco Benavente como director del Instituto de Biotecnología y el 9 de noviembre se designa al Ing. José Miguel Pía como subdirector de la unidad referida. El 5 de noviembre el consejo directivo de la facultad de Ingeniería aprueba la creación de 3 líneas y/o programas de investigación del IBT: 1- Procesos Biotecnológicos y de tecnología de alimentos, 2 – Control de calidad de Procesos Biotecnológicos y de Alimentos, 3- Procesos y control del medio ambiente (resolución 02/94 CD). En el año 1996, se aprueba la conformación del primer CONSEJO del IBT, donde se designa en representación del programa “Procesos Biotecnológicos y de tecnología de alimentos” a la Ing. María Eugenia Toro (titular) y Lic. Fabio Vazquez (suplente), en el programa “Control de calidad de Procesos Biotecnológicos y de Alimentos” a la Ing. Silvia Olguín (titular), Dr. Omar Baudino (suplente); y en el programa “Procesos y control del medio ambiente” a la Mg. Ing. Silvia Gouric (titular) y Ing. Rosa Ariza (suplente) (Resolución 120/98 CD). El 13 de diciembre del 2005 se aprueba la creación de un nuevo programa de Investigación en el IBT denominado “Investigación y desarrollo de Productos naturales bioactivos”, directora Dra. Gabriela Feresín. En el año 2012 se incorpora al Consejo del IBT representantes de becarios de CONICET (resolución 153/2012 CD).El 13 de diciembre del 2005 se aprueba la creación de un nuevo programa de Investigación en el IBT denominado “Investigación y desarrollo de Productos naturales bioactivos”, directora Dra. Gabriela Feresín. En el año 2012 se incorpora al Consejo del IBT representantes de becarios de CONICET (resolución 153/2012 CD).El 13 de diciembre del 2005 se aprueba la creación de un nuevo programa de Investigación en el IBT denominado “Investigación y desarrollo de Productos naturales bioactivos”, directora Dra. Gabriela Feresín. En el año 2012 se incorpora al Consejo del IBT representantes de becarios de CONICET (resolución 153/2012 CD).